המושב נוסד בערב שבועות ה'תרצ"ט (23 במאי 1939) על אדמות הכפר הערבי שג'רה, שקנתה פיק"א בשנות העשרים. הוא נוסד כמושב בהתיישבות חומה ומגדל על ידי ארגון "עומר", שנוסד שבועיים קודם לכן‏,על ידי חלק מחברי המושב השיתופי מולדת, עיקרם עולים מגרמניה, ששאפו לחיות במושב עובדים ולא הסכימו לבחירה של שאר אנשי "מולדת" להיות מושב שיתופי. תחילה נקרא היישוב בשם "עומר" כשם הגרעין שהקימו, אולם בהמשך שונה שם היישוב ל"שדמות דבורה" על שם דורותי (דבורה) דה רוטשילד אשת ארמנד ג'יימס דה רוטשילד שכיהן כנשיא פיק"א (לאחר שמונה לתפקיד זה ב-1924 על ידי אביו הברון אדמונד ג'יימס דה רוטשילד), שמכספו נקנתה אדמת המושב, וגם כשם דבורה הנביאה, שבאזור זה כינסה את שבטי ישראל למלחמה בכנענים.